Poco después del ataque en Nueva York por los Chitauri , el agente Phil Coulson en funcionamiento en SHIELD reuniendo a un equipo especial de profesionales con el fin de investigar lo desconocido y las nuevas amenazas que la Tierra enfrenta. Después de arrojar luz sobre un misterioso grupo de hackers, Rising Tides, los agentes enfrentarán el caso de un hombre común, Mike Peterson, que misteriosamente ha adquirido poderes excepcionales, lo suficiente como para sobrevivir a una explosión [6]. Peterson es contactado por el pirata informático Rising Tide, Skye, quien sugiere que lo ayude a esconderse de los agentes de SHIELD antes de que descubran su identidad, pero el hombre se niega. Posteriormente, Skye es tomada del equipo de Coulson e interrogada; Inicialmente no cooperativa, cuando se da cuenta de las buenas intenciones de los agentes, la niña revela lo que sabe: los poderes de Peterson se deben al suero intravenoso llamado Ciempiés (producido por tecnología alienígena, radiación gamma, virus de Extremis y suero de súper soldado).) administrado a él por una organización misteriosa y desconocida. Al llegar al lugar de la explosión, el equipo de Coulson descubre que fue causado por otra persona a la que se le administró el suero y que se convirtió en un dispositivo humano debido a la inestabilidad de Extremis. Mientras tanto, Peterson llega a Skye y la secuestra para ayudarlo a borrar su identidad de todas las bases de datos, pero el grupo de agentes logra localizarlos y neutralizar al hombre antes de que se autodestruya, y luego los toma bajo su custodia. Al final de la misión, Coulson le ofrece a Skye un lugar en el equipo.